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1、干扰生物化学性质：农药可以干扰害虫或病菌等生物体内的生物化学性质，从而阻止其正常生理代谢过程，达到控制病虫害的目的，农药可以抑制害虫的神经系统传导信息，使其无法正常工作，最终导致害虫死亡。
2、破坏生理机能：农药能够破坏害虫或病菌的生理机能，如生长调节剂的破坏，影响害虫的正常生长发育和新陈代谢过程，从而达到防治的效果，农药还可以影响植物体内某些酶的活性，使植物产生抗虫性。
3、干扰生物体内激素平衡：农药可以通过干扰害虫体内的激素平衡来影响其生殖和发育过程，一些农药可以模拟或干扰昆虫的性信息激素，从而破坏害虫的交配和繁殖过程，这种原理在害虫防治中尤为重要。
农药控制的基本原理是通过干扰生物体的正常生理生化过程来达到防治病虫害的目的，在实际应用中，需要根据不同的病虫害种类和发生环境选择合适的农药种类和使用方法，以达到最佳的防治效果，也需要注意农药的安全使用，避免对环境和人体健康造成不良影响。